Miklavatn er sérstætt náttúrufyrirbæri og greinilega blandað með sjó, því það er víða salt. Áður var vatnið lítill fjörður en rif (Hraunamöl) hefur svo hlaðist upp og lokað honum. Frárennsli úr vatninu er um Hraunaós.
Í Miklavatni er fjölbreytt lífríki. Sjávarfiskar veiðast þar stundum s.s. síld, þorskur og koli. Annars er algengt að veiða þar sjóbleikju, sjóbirting, vatnableikju og urriða.
